I 1849 hjalp flåden med flytning af hæren fra Mols til Fredericia, så hæren fik mulighed for et sejrrige udfald fra Fredericia den 6. juli. Fordi Det Tyske Forbund gik med i krigen, fik flåden til opgave at blokere de fjendtlige havne i Østersøen og Nordsøen. Blokaden af havne var så effektiv, at det var med til, at fremtvinge en tysk stemning for våbenhvile i juli 1849, og fred med Preussen et år senere. Striden om Slesvig-Holstens fremtid blev dog ikke afgjort, og betød der atter udbrød krigen i 1864.

I 1864 fik flåden atter til opgave at blokere de fjendtlige havne i Østersøen og Nordsøen. Dog var flådens største udfordring at imødegå en Østrigsk indsats. Den relativt store østrigske Adriaterhavsflåde sendte således en eskadre af større skibe til Nordsøen for at bryde den danske blokade. Den danske og østrigske eskadre mødtes ved Helgoland den 9. maj 1864, mødte de østrigske dampfregatter SCHWARZENBERG og RADETZKY samt tre preussiske dampkanonbåde med den danske Nordsøeskadre bestående af dampfregatterne NIELS JUEL og JYLLAND og dampkorvetten HEIMDAL. Efter et par times kamp fik dampfregatten SCHWARZENBERG ild i riggen og østrigerne fortrak ind på neutralt, britisk farvand under Helgoland. Slaget ved Helgoland var det sidste søslag i linjeformation, udkæmpet med store træskibe. Og resultatet var en taktisk og moralsk dansk sejr.
På land led hæren imidlertid nederlag ved Dybbøl, Det betød at efter en våbenhvile indgået få dage efter Helgolandsslaget, og efterfølgende fredsforhandlinger medførte, at Danmark måtte afstå Slesvig, Holsten og Lauenborg til Det Tyske Forbund.